Durant cette longue période, dont les débuts précèdent la création du Canada moderne, de nombreuses interventions majeures ont eu lieu sur le fleuve Saint-Laurent affectant directement le Lac Saint-François et le bassin de la rivière La Guerre.
Ces interventions ont toutes été faites par les niveaux supérieurs de gouvernement (fédéral et provincial) au bénéfice de la navigation, de la production hydro-électrique et de l’agriculture. Sans considération pour les propriétés riveraines.
L’impact des interventions sur le fleuve a été un rehaussement significatif et une stabilisation, à un niveau historiquement élevé, des niveaux d’eau du Lac Saint-François. Cela a mené à l’inondation des terres basses le long de la rive du lac et, particulièrement, dans le bassin de la rivière La Guerre.
Plusieurs approches ont été utilisées pour tenter de récupérer ces terres basses à des fins agricoles. Le creusage des canaux La Guerre et Saint-Louis, vers 1930, pour permettre le drainage du bassin La Guerre vers la rivière Saint-Louis en est un exemple historiquement important.
La construction de la station de pompage de Saint-Anicet en 1974, au profit de l’agriculture du bassin La Guerre, est venue modifier de façon très importante la dynamique de la rivière La Guerre et la qualité de l’eau en rive du Lac Saint-François.
En parallèle avec ces développements, l’agriculture du bassin s’est aussi modifiée sensiblement, à l’instar du reste du Québec : les fermes sont devenues de plus en plus grandes, les cultures pérennes (ex : foin) ont laissé la place aux grandes cultures exigeant un plus grand travail du sol (ex : maïs), menant à plus d’érosion et de matières en suspension dans l’eau de la rivière.
Dès ses débuts, la station de pompage est exploitée sans tenir compte des riverains du Lac Saint-François en aval de la station de pompage : l’objectif est de maintenir la rivière au niveau le plus bas permis par le design de la station de pompage.
Après chaque séance de pompage, une grande nappe d’eau turbide se déplace le long de la rive du lac affectant la qualité de l’eau de tous les riverains des trois municipalités en aval : Saint-Anicet, Sainte-Barbe et Saint-Stanislas-de-Kostka.
Cette situation est empirée par le fait qu’à partir de 1975, des dizaines de kilomètres de cours d’eau du bassin La Guerre sont réaménagés, ce qui augmente la quantité de matières en suspension dans l’eau pompée dans le lac.
Au fil des ans, de nombreuses lettres ont été transmises aux autorités pour tenter de résoudre le problème, sans succès. Dès 1980, des plaintes formelles des riverains concernant la pollution liée aux pompages ont été transmises aux autorités. Une pétition signée par 700 riverains de Saint-Stanislas-de-Kostka a été déposée au conseil municipal de cette ville se plaignant de l’état lamentable du Lac Saint-François.
En 1984, l’Association pour la Sauvegarde du Lac Saint-François (ASLSF), un organisme à but non lucratif, a été officiellement créée pour canaliser les efforts des riverains afin de regagner le plein usage de leur lac. Elle a été incorporée au Québec sous la partie III de la Loi sur les compagnies en avril 1985.
Le 12 septembre 1984, une pétition de plus de 2 500 noms a été déposée à la MRC du Haut-Saint-Laurent et aux municipalités riveraines pour demander de l’aide au MAPAQ pour nettoyer les rivières La Guerre et Saint-Louis.
A commencé alors une longue série d’échanges de lettres et de rapports d’étude tentant de trouver la solution définitive aux problèmes causés par l’effluent de la rivière La Guerre pompé en rive du lac :
La solution proposée par les intervenants converge vers un creusage des rivières La Guerre et Saint-Louis afin de permettre un plus grand écoulement, jusqu’à 2 m³/sec, vers la rivière Saint-Louis.
Il est important de mentionner la création, en 1996, du Club agroenvironnemental du bassin La Guerre qui fait depuis la promotion de bonnes pratiques agricoles visant, entre autres, la réduction de l’érosion dans le bassin.
En septembre 2005, le journal le Soleil de Valleyfield a annoncé qu’une prolifération excessive de cyanobactéries a été retrouvée dans le bassin de la rivière La Guerre alors que les pompes avaient fonctionné à plein régime. Une nouvelle pétition de plus de 2 000 noms a été déposée à la MRC en octobre 2005 exigeant des actes concrets.
En 2006 et 2007, la MRC du Haut-Saint-Laurent a procédé à un nettoyage majeur des sédiments s’étant accumulés dans le lit de la rivière La Guerre. En permettant un meilleur écoulement naturel, par gravité, vers la rivière Saint-Louis, ce nettoyage a mené à une réduction significative des pompages en rive du lac et à une amélioration significative de la qualité de l’eau en aval de la station de pompage.
Toutefois, l’ASLSF continue de militer pour le reprofilage des deux rivières et les études se poursuivent (ex : Rapport Broughton, 2008).
En 2010 commençait, finalement, l’étude d’impact requise de la MRC du Haut-Saint-Laurent par le ministère de l’Environnement (MDDELCC) concernant le reprofilage (ou creusage) des rivières La Guerre et Saint-Louis. Après beaucoup de travail et plusieurs itérations, les ministères ont communiqué leur position dans une lettre à la MRC datée de septembre 2013.
Entre autres constats, les ministères considèrent qu’étant donné l’impact sur l’environnement du reprofilage proposé, d’autres solutions auraient dues être analysées plus profondément, en particulier celles qui repousseraient plus au large l’effluent pompé de la rivière La Guerre.
Sous le leadership de Michel Falardeau, membre de l’ASLSF, et grâce au financement reçu du MAPAQ, des municipalités riveraines et de l’ASLSF, cette étude a été menée à bien par l’ingénieur Francis Therrien qui a déposé son rapport en décembre 2015. M. Falardeau a par la suite complété cette étude en analysant quelque 40 scénarios techniques différents.
La conclusion de cet effort est que l’ajout d’une ou de plusieurs conduites à la station de pompage pour éloigner l’effluent de la rive pour le libérer dans un des chenaux du fleuve règlerait effectivement le problème. Toutefois, mêmes les scénarios les moins dispendieux le sont encore trop de l’avis de la majorité des intervenants. C’est pourquoi l’analyse de la dispersion de l’effluent à la sortie de la conduite n’a pas encore été effectuée.
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